Misi dari MIN 6 Nganjuk adalah sebagai berikut :
- Menyelenggarakan Pembelajaran yang efektif dan Inovatif
- Membiasakan Akhlak mulia
- Meningkatkan ilmu pengetahuan dan teknologi
- Menerapkan sikap dan perilaku yang berkarakter
- Meningkatkan prestasi olah raga dan seni